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[導(dǎo)讀]2007年10月全球首張黃種人全基因序列圖譜“炎黃一號”順利繪制完成,測序數(shù)據(jù)總量達到1177億堿基對,基因組平均測序深度達到36倍,有效覆蓋率高達99.97%,變異檢測精度達99.9%以上。2008年10月,大熊貓“晶晶”基因組


2007年10月全球首張黃種人全基因序列圖譜“炎黃一號”順利繪制完成,測序數(shù)據(jù)總量達到1177億堿基對,基因組平均測序深度達到36倍,有效覆蓋率高達99.97%,變異檢測精度達99.9%以上。2008年10月,大熊貓“晶晶”基因組序列圖譜成功測序,該基因組由24億DNA堿基對組成,約含2.1萬個蛋白編碼基因。2008年11月6日,首個亞洲人基因序列的研究成果發(fā)布,宣布炎黃計劃參照基因測序的完成。這是繼DNA之父JamesWatson和 測序先驅(qū)J. Craig Venter之后所進行的第三例人類個人基因測序。
在過去的三年中,致力于公益性研究的深圳華大基因研究院,在深圳市政府、鹽田區(qū)政府及企業(yè)的共同支持下,以“探索基因組科學(xué)的新型發(fā)展道路,引跑亞洲基因組科學(xué)發(fā)展”為使命,成功完成了多個基因科學(xué)重大項目的實施和研究,促進了醫(yī)學(xué)健康產(chǎn)業(yè)和現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)的快速發(fā)展。
深圳華大基因研究院由中國科學(xué)院北京基因組研究所及北京、杭州華大基因研究中心為主體共同組成,在基因科學(xué)研究的道路上,除上述重要成果之外,還于2009年4月啟動“世界三極動物基因組計劃”,2009年8月啟動“萬種微生物基因組計劃”,2009年12月與國家農(nóng)業(yè)部和深圳市人民政府共建“基因組學(xué)農(nóng)業(yè)部重點實驗室”……這些研究工作所取得的技術(shù)成就,不僅為中國和世界基因組科學(xué)的發(fā)展做出了突出貢獻,同時也奠定了中國基因組科學(xué)在國際上的領(lǐng)先地位。
基因序列測定工作精確而繁復(fù)

眾所周知,基因序列測定需要進行大量的計算和對比工作,盡管核酸序列測定方法越來越成熟、簡便并且可以通過自動化設(shè)備完成,但事實上,對于一個片段較長、序列未知的待測核酸而言,仍然是一件耗時且繁瑣的工作。對于一個待測DNA分子,要制定一個能夠簡捷準(zhǔn)確的測定方案,需要實時傳輸?shù)臄?shù)據(jù)量非常大,要求服務(wù)器、存儲和網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)具備高性能、低延時、高穩(wěn)定性的特點。并且,要求交換機端口密度較高,可同時連接多個服務(wù)器。為此,華大基因選擇了Force10公司的S2410、S50、C300、以及C150交換機組建了高性能的計算網(wǎng)絡(luò)環(huán)境,并首先在深圳研究所投入運行。
可靠的高性能端到端網(wǎng)絡(luò)解決方案

基于此種需求,F(xiàn)orce10為華大基因提供了S系列以及C系列的四款產(chǎn)品。旨在為中等規(guī)模數(shù)據(jù)中心和企業(yè)局域網(wǎng)提供具有更高可靠性的Force10的C系列產(chǎn)品,其模塊化Force10操作系統(tǒng)(FTOS)軟件則提供了內(nèi)在的穩(wěn)定性,避免了計劃外的網(wǎng)絡(luò)停機,并通過冗余部件和熱插拔技術(shù)提供全面的硬件彈性,從而最大程度地保證了網(wǎng)絡(luò)的正常運行時間。
為了給華大基因IT管理人員提供更有效的網(wǎng)絡(luò)控制能力,F(xiàn)orce10C300還提供了一整套提高可管理性、服務(wù)能力以及可視性的工具和功能,而模塊化的FTOS包括了業(yè)界標(biāo)準(zhǔn)的命令行界面(CLI),使管理人員簡化管理并可充分利用其已擁有的網(wǎng)絡(luò)知識進行操作。C150還可充分運行FTOS,為 IT 與數(shù)據(jù)中心管理人員提供實現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)運行時間最大化所需的工具。
而S系列產(chǎn)品由小尺寸Gigabit 和10 Gigabit以太網(wǎng)交換機組成,專為企業(yè)和服務(wù)供應(yīng)商設(shè)計,以滿足這些客戶的特殊要求。其高彈性、高密度的性能特征,為數(shù)據(jù)中心、儲存或計算設(shè)施配備線速率GbE和10 GbE機架交換機,滿足 VoIP 和無線連接的核心彈性和高可用性要求的 PoE配線柜。該系列產(chǎn)品為華大基因的序列測定計算提供擴展、高性能端到端網(wǎng)絡(luò)解決方案。其中,S2410同時擁有24 端口固定配置,1 RU數(shù)據(jù)中心交換機 超低萬兆交換時延 ,其吞吐時延僅為 300 納秒。毋庸置疑,
Force10 S系列以及C系列的四款產(chǎn)品的高性能、低功耗、以及出色的穩(wěn)定性,為基因測序的計算工作提供了有力的技術(shù)保障。
完善的技術(shù)服務(wù) 堅實的設(shè)備后盾

“在眾多的競爭品牌中,我們選擇了Force10,經(jīng)過實踐應(yīng)用,我們對Force10的技術(shù)和服務(wù)表示肯定和滿意?!鄙钲谌A大基因研究院計算平臺負責(zé)人方林說,“其產(chǎn)品在高性能、低延時、高穩(wěn)定性等方面的出色表現(xiàn),確實為基因序列測定中的計算與比對工作提供了有力的保障,可以說,在這之后的許多大型基因測序項目能夠得以順利進行,與Force10設(shè)備的高速運行以及較高穩(wěn)的定性密不可分?!?BR>目前,F(xiàn)orce10的幾款S系列以及C系列產(chǎn)品,已經(jīng)獲得客戶認可,并因此而被擴展應(yīng)用到北京和香港的研究所中,為華大基因研究所的復(fù)雜而嚴(yán)密的基因測序工作帶來了可擴展的、可靠的、無擁堵、低功耗的性能支持。而華大基因也正在利用其所需技術(shù),依靠完善的設(shè)備力量,雄厚的科研背景和優(yōu)秀的人才隊伍,為廣大生物學(xué)相關(guān)領(lǐng)域科研工作者和研發(fā)機構(gòu)提供基因與蛋白質(zhì)相關(guān)研究的優(yōu)秀解決方案,在不斷深化科研水平和能力的前提下加快技術(shù)向市場轉(zhuǎn)化的步伐,力爭最大限度地將先進的科研技術(shù)和成果服務(wù)于社會。 本文來源于與非網(wǎng) http://www.eefocus.com
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